O CEPE é um órgão deliberativo e normativo, responsável pela coordenação e supervisão dos cursos de graduação, pós-graduação e extensão, bem como das atividades de pesquisa. É composta por:
I - O Diretor Geral da ESCS, seu Presidente nato;
II - O Coordenador do Curso de Medicina;
III - O Coordenador de Cursos de Pós-Graduação e Extensão;
IV - O Coordenador de Pesquisa e Comunicação Científica;
V - O Gerente de Educação Médica;
VI - O Gerente de Desenvolvimento Docente e Discente;
VII - O Gerente de Avaliação;
VIII - O Gerente de Residência, Especialização e Extensão;
IX - O Gerente de Cursos de Mestrado e Doutorado;
X - O Gerente de Pesquisa;
XI - 01 Representante dos Núcleos que compõem a Gerência de Educação Médica indicado por seus pares;
XII - 02 Representantes do Corpo Docente de cada curso;
XIII - 01 Representante do Corpo Discente de cada curso;
XIV - 01 Representante do Corpo Técnico-Administrativo da ESCS;
XV - 01 Representante da Mantenedora;
XVI - 01 Representante da Secretaria de Estado de Saúde do Distrito Federal.